מידע הזולג מתוך מאגרי מידע של גוף עלול לגרום לנזקים גדולים, שחלקם אף בלתי הפיכים, גם בתחומים מקצועיים וגם בתחומים כלכליים. זליגת מידע מתרחשת במגוון רחב של דרכים, חלקם במזיד וחלקם מהעדר תשומת לב של הגורמים האחראים עליו.
אבטחת מאגרי מידע, במטרה למנוע אובדן של מידע יקר, כוללת אבטחת המחשבים שמירה של מסמכים מסווגים, תדרוך עובדים, מידור פנימי בתוך המתחם, מניעת האזנות. אבטחת מאגרי המידע מחייבת ראייה כוללת של האיומים וניתוח מקומות האחסון הפיזי של נתונים ואיכות המידע האצור בקרב עובדי הגוף, בכירים וזוטרים.
יישום תוכנית לאבטחת מאגרי מידע מחייב תכנון מקצועי מוקדם. מטרות התכנון המוקדם הן גם לנתח את האיומים וגם לשלב את צרכי הגוף ומטרותיו. תוכנית אבטחת מאגרי מידע חייבת לאפשר לגוף ועובדיו התנהלות שוטפת שבה המידע יהיה תמיד זמין עבור העובדים הזקוקים לו ועדיין לא יהיה נגיש או זמין לגורמים אחרים.
היחידה לביטחון לאומי, באמצעות החטיבה לייעוץ ביטחוני, מציעה ללקוחותיה שרות מקצועי בתחום אבטחת מאגרי המידע. יועצי החטיבה יבצעו בדיקה אשר תגדיר את מעטפת ההגנה מפני ריגול עסקי/תעשייתי מצד מתחרים או ספקים זאת תוך כדי ביצוע בקרות ופיקוחים פנימיים. על בסיס הבדיקות יעבירו היועצים המלצות לשמירה על מאגרי המידע (מידע לוגי ופיזי) והגנה על מערכות המידע בגוף/חברה. יועצי היחידה לביטחון לאומי יכתבו נהלי עבודה וינהלו את תהליך הטמעת הרגלי הטיפול בחומר מסווג בקרב עובדי הגוף כולל הדרכה בכללים להתנהגות מונעת.
היחידה לביטחון לאומי מציעה ללקוחותיה בתחום אבטחת מאגרי המידע שרות לביצוע בדיקות האזנה בכל מתחם החשוד כי ממנו דולף חומר רגיש וביצוע של בדיקות פוליגרף לבעלי נגישות לחומר מסווג.